Родился 20 февраля 1826 года, по другим данным в 1827 году в семье бедного дьячка в селе Верхнем Скорчье (в иных источниках — Вышнем-Скворчем) Новосильского уезда Тульской губернии (ныне в Орловской области); обучался в Тульской духовной семинарии. В 1849 году окончил курс в Киевской духовной академии; 11 октября того же года принял монашеский постриг. 21 декабря 1854 года возведен в сан архимандрита. С 1856 года — инспектор Киевской духовной академии. С 6 октября 1858 года — ректор Киевской духовной семинарии и настоятель Богоявленского монастыря, а в 1859 году — ректор академии. С 6 октября 1860 года — ректор Санкт-Петербургской духовной академии. 12 июня 1861 году хиротонисан во епископа Выборгского, викария Санкт-Петербургской епархии, с оставлением в должности ректора. С 12 января 1864 года — епископ Саратовский и Царицынский. С 13 июля 1873 года — епископ Нижегородский и Арзамасский. 14 февраля 1877 года возведен в сан архиепископа. С 8 декабря 1877 года — архиепископ Карталинский и Кахетинский, Экзарх Грузии. С 1881 года член Святейшего Правительствующего Синода и почётный член Казанской духовной академии. С 27 июня 1882 года — митрополит Московский и Коломенский. В мае 1883 года возглавил совершение чина священного коронования Александра III, а позже в том же месяце — освящение завершённого строительством Храма Христа Спасителя в Москве. В 1889 году поручил архитектору Н.В. Султанову разработать проект новой церкви для своего родного села, Вышнее Скворчее (Верхнее Скворчье, ныне Залегощенского района Орловской обл.). 12 июня 1894 года храм был торжественно освящён в присутствии митрополита Иоанникия (взорван в 1945 году). Обер-прокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцев в своём письме императору Александру III от 15 октября 1891 года, в связи с вопросом о замещении вакантной Киевской кафедры (за кончиною митрополита Платона (Городецкого)), писал: «Московский митрополит Иоанникий, человек безупречный в нравственном отношении, по характеру своему не пришёлся по Москве. Он сух и необщителен, а Москва имеет свои особенности: там любят ласковое обращение и приветливость. Его не полюбили в Москве, и, кажется сам он это чувствует. В Киеве положение его было бы удобнее и свойственне его природе.» В ответном письме от 8 ноября того же года Александр III благодарил Победоносцева и писал: «Ваши соображения насчёт назначения в Москву арх. Леонтия из Варшавы, а в Киев Московского митрополита я совершенно одобряю и думаю сам, что это лучше.» С 17 ноября 1891 года — митрополит Киевский и Галицкий. С 31 января 1892 года почетный член Московской духовной академии. 6 мая 1895 года сопричислен ордену Св. Андрея Первозванного. 14 мая 1896 года пожалован бриллиантовым крестом на митру. По смерти Санкт-Петербургского митрополита Палладия (Раева), рескриптом от 25 декабря 1898 года назначен первенствующим членом Святейшего Синода (что было весьма необычно для Киевского митрополита). Во всех епархиях, в которых он епископствовал, им были организованы дома для вдов и сирот духовного ведомства, свечные епархиальные заводы, доходы с которых шли на содержание семинарий и училищ, училища для девиц духовного звания, общежития для своекоштных учеников духовных училищ и семинарий. Скончался 7 июня 1900 года в Голосеевской обители. Погребение его 11 июня возглавил митрополит Московский Владимир (Богоявленский); похоронен в Крестовоздвиженской церкви на Ближних Пещерах в Киево-Печерской Лавре, рядом с митрополитом Арсением (Москвиным). |||Канонизация и почитания||| 20 июля 2016 года на заседании Свяященного Синода УПЦ (МП) был причислен к лику местночтимых святых. 28 августа 2016 года в праздник Успения Пресвятой Богородицы, во время Божественной литургии на соборной площади в Киево-Печерской Лавре состоялось прославление в лике святых митрополита Киевского и Галицкого Иоанникия (Руднева) и схииеромонаха Вассиана Слепого.
